同院双骄从校园到婚纱第2章 顶级期刊的联合署名论文

大三上学期在紧张忙碌中飞速流逝。

顾言澈和苏念晴在全力准备直博申请的同时他们自大二“挑战杯”竞赛后一直持续深化的那个交叉学科研究项目也终于迎来了关键的收获期。

这个项目源于一次偶然的讨论。

当时苏念晴在分析一组高维度的单细胞转录组数据时遇到了细胞亚群注释精度不高的瓶颈传统的聚类算法难以区分高度相似的细胞状态。

顾言澈得知后从计算机视觉中图像分割的算法得到启发提出了一种基于图神经网络（GNN）和自监督学习的新颖框架能够更好地捕捉细胞之间的局部邻域关系和全局结构信息。

这个想法极具潜力。

在征得各自导师的同意和支持后他们决定将这一思路发展成一个正式的研究课题。

苏念晴负责提供生物学问题背景、数据清洗和生物学意义的解读；顾言澈主导算法设计、模型实现和计算优化；两人共同进行结果分析、论文撰写和修改。

过程并非一帆风顺。

算法的调参过程繁琐而枯燥模型的收敛性时好时坏；生物学数据的噪声和复杂性常常让看似完美的算法在实际应用中表现不佳。

他们度过了无数个在实验室和图书馆137号座位熬到深夜的日子面对过一次次失败的实验结果和令人沮丧的调试循环。

“这个损失函数还是不行对稀有细胞群不敏感。

”顾言澈盯着屏幕上波动剧烈的曲线眉头紧锁。

“是不是可以考虑引入focal loss或者对样本进行加权？”苏念晴查阅着相关文献提议。

“可以试试。

另外特征嵌入的维度可能需要调整现在信息压缩可能过度了。

” “嗯我这边再检查一下数据预处理流程确保没有引入偏差。

” 这样的对话成了家常便饭。

他们争论尝试失败再尝试。

有时会因为一个技术细节各执一词但最终总能凭借逻辑和证据达成共识。

在攻克难题的过程中他们对彼此的专业领域有了更深入的理解协作也愈发默契。

转机出现在一个周五的深夜。

顾言澈尝试了一种新的注意力机制与GNN结合的方式并优化了训练策略。

当模型在新一批数据上运行结束后生成的可视化结果清晰地展示出了前所未有的细胞分群效果甚至连一些以往难以捕捉的过渡态细胞都被区分开来。

“成功了！”苏念晴看着屏幕上色彩分明、结构清晰的UMAP图激动地差点跳起来声音带着颤抖。

顾言澈紧盯着屏幕反复确认着各项评估指标脸上虽然依旧没什么表情但紧抿的嘴角微微上扬眼底闪烁着锐利而兴奋的光芒。

“初步看来效果显着超越现有方法。

”他沉声说。

接下来的几个月他们马不停蹄地进行系统的实验验证。

在多个公开数据集和合作实验室提供的新数据上测试他们的方法（他们将其命名为“scGNN-ATT”）都表现出稳定且优异的性能在细胞亚群识别精度和鲁棒性上显着优于当时的主流算法。

同时苏念晴带领生物学角度的分析揭示了该方法在发现新的细胞状态、解析发育轨迹以及识别疾病相关稀有细胞群体方面的强大应用潜力。

成果丰硕撰写论文提上日程。

这是他们第一次独立主导（在导师指导下）完成一篇有望冲击高水平期刊的学术论文。

写作过程同样是对心智的磨练。

如何清晰地阐述科学问题？如何严谨地描述方法？如何有力地展示结果并阐述其意义？每一个部分都需要字斟句酌。

顾言澈负责方法部分和结果中的算法性能评估他的文字精准、逻辑严密像他的代码一样没有冗余。

苏念晴负责引言、生物学结果分析和讨论她的文字流畅、视野开阔能巧妙地将技术细节与重大的生物学问题联系起来。

他们互相审阅对方的草稿提出尖锐的批评和建设性的意见常常为了一个措辞、一张图表的展示方式反复讨论修改直至双方都满意为止。

经过数轮打磨一篇题为《Attentive Graph Neural Networks for Precise Single-Cell Annotation and Novel Cell State Discovery》的论文终于成型。

在导师的最终把关后他们怀着紧张和期待的心情将稿件投向了计算生物学领域的顶级期刊《Nature Computational Science》。

投稿后的等待是煎熬的。

按照期刊流程先要经过编辑初审决定是否送审。

几天后邮件提示稿件状态更新——“Under Review”（送审中）！这意味着通过了第一关将接受同行评议的严格考验。

接下来的两个月每隔几天检查投稿系统成了两人的习惯性动作。

终于在期末考前一周审稿意见回来了。

三位审稿人的评价总体积极都认可工作的创新性和重要性但也提出了大量深刻且苛刻的问题和建议要求补充实验、澄清细节、加强论证。

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